土木工程系隶属于土木工程与建筑学院，源于1985年开设的工业与民用建筑专业。土木工程专业为省级一流专业，通过了IEET国际工程教育认证。现有在校本科生600余人，与福州大学、福建农林大学联合培养在校硕士生10名。专任教师18人，其中教授4人，副教授4人，高级工程师2人，博士10人，博士率达到55.6%，具有海外留学背景4人，在职博士2人。福建省引进生1人，福建省高层次人才C类1人，福建省新世纪优秀人才1人。依托土木工程系，学院建有“闽北山地地质灾害防治福建省高校工程研究中心”、“丘陵山地智慧城镇建设福建省高校重点实验室”、“土木工程与建筑福建省省级实验教学示范中心”等3个省级教学科研平台。

土木工程系科研团队在装配式建筑、固废利用、地质灾害、智慧城镇、绿色建材等领域积极开展科学研究和社会服务。承担了省部级以上课题40余项，发表SCI检索期刊论文30余篇，授权国家专利20余项，获得省级科技进步二等奖2项，教学成果获省级教学成果二等奖1项，校级教学成果一等奖4项，福建省自然科学优秀论文二等奖2篇，三等奖1篇，指导省级以上大学生创新创业项目40余项，编写教材10本，专著2部。

近年来，学生荣获国家级大学生结构设计竞赛一等奖1项，二等奖1项，三等奖2项，省级一等奖7项。学生就业率保持在98%以上，就业行业与专业吻合度保持在85%以上。研究生录取率逐年增长，录取结构持续改善，一批学生被同济大学、大连理工大学、澳大利昆士兰大学等国内外知名高校硕士招生录取。