海峡成功学院采用学生集中统一管理、专业教学由各专业学院实施的办学模式。为促进各专业学院更好服务闽台项目，突出闽台合作办学中专业学院的教学管理作用和教师团队力量的发挥，通过前期的各项准备工作，学校于10月15日正式发文成立闽台合作办学专业教研室。海峡成功学院的各个合作办学专业成立相应的闽台合作办学专业教研室，设教研室主任1人，其成员由相关的专业教师组成，由专业学院领导，海峡成功学院进行业务指导。闽台专业教研室的成立，进一步明确专业学院在闽台项目中的教学管理职责，促进更多专业教师参与闽台项目的工作，强化专业学院作用，对闽台合作办学质量的提升具有重要促进作用。